El tratamiento integral del río requiere de acciones multidisciplinarias que van desde los trabajos de reforestación en las laderas del cerro de San Juan, los relacionados al incremento de la capacidad de absorción de las diferentes áreas de la subcuenca, la disminución de las descargas de aguas negras directas al cuerpo del río, entre muchas otras.

Se han realizado trámites ante los gobiernos federal y estatal para la consecución de recursos para el saneamiento del río.

En la liberación de los cauces de conducción pluvial de la ciudad se invirtieron 5 millones 16 mil 294 pesos, concretamente en la limpieza y desazolve de canales, con lo que se impide la llegada en gran medida de materiales pétreos y basura hacia el río Mololoa.