El tratamiento integral del río requiere de acciones multidisciplinarias que van desde los trabajos de reforestación en las laderas del cerro de San Juan, los relacionados al incremento de la capacidad de absorción de las diferentes áreas de la subcuenca, la disminución de las descargas de aguas negras directas al cuerpo del río, entre muchas otras.
Este Gobierno Municipal realizó acciones importantes que contribuyeron en gran medida con el saneamiento del río: se implementó un nuevo sistema de recolección de residuos sólidos que ha impedido el arrastre de basura a alcantarillas y canales.
Con el programa de manejo y conservación de zonas forestales se ha evitado el arrastre de material pétreo a la cuenca.
Además, los trabajos de regularización y clausura del sitio de disposición final El Iztete, han disminuido la filtración de lixiviados al subsuelo y las descargas al río.
En la liberación de los cauces de conducción pluvial de la ciudad en este periodo que se informa se invirtieron un millón 613 mil 860 pesos, concretamente en la limpieza y desazolve de canales, con lo que se impide la llegada en gran medida de materiales pétreos y basura hacia el río Mololoa.